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Offre de thèse interdisciplinaire

Architecture génomique et corps nucléaires : de la physique dans l’expression des gènes

Thèse financée par la Mission pour les Initiatives Transverses et Interdisciplinaires du CNRS (programme 80prime).

Le projet croise génétique moléculaire expérimentale et physique théorique du vivant. Il s’agit d’explorer comment l’association entre des corps nucléaires formés par séparation de phase (les gouttelettes dans la figure ci-dessous) et certaines régions du génome (le filament) participe à l’expression des gènes qu’elles contiennent.

Envoi des candidatures à thierry.forne@igmm.cnrs.fr avant le 15 juillet 2022

La question scientifique : la régulation de l’expression des gènes au bon endroit et au bon moment s’explique en général par la reconnaissance de séquences d’ADN par des protéines dédiées, sous le contrôle de régulations dites épigénétiques. Le but de notre projet est de mieux comprendre un aspect de cette régulation, encore peu étudié : le rôle qu’y jouent les propriétés physiques du génome humain et de son environnement immédiat, constitué par le nucléoplasme et les organelles, ou ‘corps nucléaires’, qui s’y trouvent. L’accent sera mis sur le rôle des ions et des interactions électrostatiques dans les mécanismes de séparation de phase contrôlant la formation des ‘corps nucléaires’.

L’étude s’appuiera sur des approches expérimentales variées (capture de conformation de chromosomes, insolubilisation à haut sel, imagerie en fluorescence, etc) sur cellules vivantes, normales ou génétiquement modifiées, en variant les conditions physiques locales. Elle aidera à comprendre les mécanismes impliqués dans la prédisposition à certains cancers.

L’encadrement et l’environnement : l’équipe d’accueil est située à l’Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier. Elle est dirigée par Thierry Forné (biologiste, DR CNRS), qui sera le directeur de la thèse. Cosette Rebouissou (IE CNRS) assurera la formation aux techniques expérimentales spécifiques. L’équipe collabore de longue date avec le laboratoire de Physique Théorique de la Matière Condensée, à Paris, et son équipe ‘Modélisation multi-échelle de la matière vivante’ dirigée par Jean-Marc Victor (physicien, DR CNRS), sur le rôle biologique des propriétés physiques de l’ADN et de la chromatine.  Avec Maxim Dolgushev (MCF Sorbonne Université) et Annick Lesne (DR CNRS, à cheval sur le LPTMC et l’IGMM), ils assureront la formation interdisciplinaire nécessaire au projet.

L’offre de thèse : la personne retenue bénéficiera d’un contrat doctoral de 3 ans, débutant à l’automne 2022. Il est souhaitable qu’elle ait déjà une pratique expérimentale en biologie moléculaire, et une attirance (idéalement une formation de base) vers la modélisation physique et l’analyse de données biologiques. Elle bénéficiera tout au long de sa thèse des échanges réguliers et des visites croisées entre les deux laboratoires.

Quelques références : Baudement et al. Genome Research, 28:1733 (2018)
Lesne et al. Genes 10 :1049 (2019)
Carrivain et al. Soft Matter 8 :9285 (2012)

Pour en savoir plus, n’hésitez pas à contacter :

Thierry Forné : thierry.forne@igmm.cnrs.fr, tel : 04 34 35 96 82

Jean-Marc Victor : jean-marc.victor@sorbonne-universite.fr, tel : 06 81 46 98 23

 

 

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