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Equipe IGMM/LIRMM/IMAG Regulations Génomiques Computationnelles

L’équipe IGMM/LIRMM/IMAG « Régulations Génomiques Computationnelles » développe des méthodes fondées sur les statistiques et l’apprentissage automatique pour intégrer et interpréter différents types de données génomiques, délimiter des régions génomiques pertinentes et identifier de nouveaux éléments régulateurs, ceci afin de mieux comprendre le fonctionnement du génome et découvrir de nouveaux biomarqueurs utiles en médecine génomique.

Plus spécifiquement, de nombreux loci sont transcrits en dehors des promoteurs des gènes codants pour générer une grande variété d’ARNs comme les eRNAs (RNA transcrits au niveau des enhancers), les microRNAs et différentes classes d’ARNs longs non-codants. Par ailleurs, les études d’association à l’échelle du génome montrent que de nombreux loci associés à certains traits cliniques, y compris ceux liés à des pathologies humaines, sont localisés en dehors des régions codant les protéines. Ces observations récentes suggèrent que les régions non-codantes du génome humain contiennent une pléthore d’éléments régulateurs qui peuvent impacter les régulations du génome et ses fonctions et qui doivent être mieux caractérisés. C’est à ce défi que veut contribuer l’équipe « Régulations Génomiques Computationnelles ».

Cette dernière a été créée en Octobre 2014 à l’Institut de Biologie Computationnelle de Montpellier (http://www.ibc-montpellier.fr) et travaille dans un environnement interdisciplinaire à l’interface de l’informatique, des statistiques et de la biologie. Ses membres possèdent différentes expertises scientifiques et sont affiliés à l’Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM; biology; http://www.igmm.cnrs.fr), au Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Micro-électronique de Montpellier (LIRMM; computer science; http://www.lirmm.fr/recherche) et à l’Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck (IMAG, Statistics; http://imag.edu.umontpellier.fr).

Par ailleurs, l’équipe est impliquée dans différents programmes de recherche internationaux, notamment un Laboratoire International Associé du CNRS (1) (avec le Pr. Wyeth W. Wasserman, Université de Colombie Britannique, Vancouver, Canada. https://cmmt.ubc.ca/wasserman-lab/) et le consortium FANTOM (2) (basé au RIKEN Yokohama, Japan. http://fantom.gsc.riken.jp/index.html).

(1) Le LIA (Laboratoire International Associé) « miREGEN » est soutenu par le CNRS (IGMM et LIRMM) et l’université de Colombie Britannique (CMMT). Son partenaire français est l’équipe « Régulations Génomiques Computationnelles ». Il étudie les aspects computationnels de la régulation transcriptionnelle des gènes, notamment des ARNs non codants.

(2) FANTOM est un consortium international basé au RIKEN de Yokohama (Japon) auquel est affilié l’équipe « Régulations Génomiques Computationnelles ». Il a pour but de mieux comprendre les régulations transcriptionnelles orchestrant l’expression des gènes chez l’homme et la souris.

Mots-clefs:

Régulations génomiques, transcription, génomique médicale, bioinformatique, statistique, apprentissage automatique.

 

Membres

Laurent Bréhélin, CNRS Researcher, LIRMM
Sophie Lèbre, Associate Professor, IMAG & University of Montpellier
Charles-Henri Lecellier, CNRS Researcher, IGMM
Chloé Bessière, Research Engineer, IGMM
Christophe Menichelli, PhD Student, LIRMM
Raphael Romero, PhD Student, IMAG
Oceane Cassan, Master Student from ENSA Lyon
Mathys Grapotte, Master Student, from University of Montpellier & Télécom St Etienne

 

Previous lab members

Amadou Kide Abdallahi, Master Student, from University Paris 7
Florent Petitprez, Master Student from Ecole Polytechnique
Manu Saraswat, Master Student from BiTS Pilani Goa
May Taha, PhD Student from IGMM & IMAG
Jimmy Vandel, Post-Doc

Publications