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Collection Génomique de Montpellier (MGC)

La plateforme MGC a été créée et est gérée conjointement par l’IGMM et le CRBM.

Elle est affiliée à l’UMS BioCampus. Son Responsable Opérationnel est Frédéric Lionneton (IR CNRS, BioCampus) et ses membres sont Sylvie Fromont (AI CNRS, CRBM) et Marie-Cécile Robert (IE CNRS à temps partiel, IGMM). Son responsable Scientifique est Edouard Bertrand (DR1 CNRS), chef de groupe à l’IGMM.

MGC gère 2 banques d’ORFéome. La version 5.1 qui représente 15483 ORF humaines clonées soit 12794 gènes humains, ainsi que la version 8, contenant 12 230 clones humains soit 11 149 ORF non-redondantes. Les ORF clonées contiennent la séquence codante localisée entre le codon d’initiation et le codon stop, excluant les régions 5’ et 3’ non traduites (5’ et 3’ UTR). Le codon stop a été retiré afin de pouvoir utiliser le système de clonage Gateway et ainsi ajouter un tag en 3’ de l’ORF d’intérêt. Ces ORF ont été clonées dans un vecteur donneur Gateway pDONR 223 portant la résistance à la spectinomycine. Afin de savoir si une séquence ORF est clonée dans les différentes versions de l’hORFome, il vous suffit de vous rendre sur ce site pour la version 5.1 et sur ce site pour la version 8) et de suivre les instructions du manuel (How to find an ORF clone ?)

La technologie Gateway est basée sur les réactions de recombinaison permettant l’intégration et l’excision du phage lambda dans le génome de Escherichia coli. Cette méthode permet la recombinaison directionnelle d’un produit PCR (portant le gène d’intérêt et deux sites de recombinaison attB ajoutés grâce aux amorces de PCR) et d’un vecteur donneur (portant deux sites attP) grâce à une réaction de recombinaison dite de « BP ». Le produit de cette première recombinaison, appelé vecteur d’entrée, sert de matrice à une seconde recombinaison (dite de « LR ») avec un vecteur de destination (portant deux sites de recombinaison attR) pour obtenir un vecteur d’expression.

Prestations :

  • Sortir des clones de l’hORFéome
  • Cloner une séquence d’ADN dans un vecteur Gateway donneur pDONR
  • Réaliser des recombinaisons LR dans des vecteurs d’expression
  • Transformer des vecteurs classiques en vecteurs Gateway
  • Automatisation d’Expériences de Routine

 

Liens :

Membres

Frederic LIONNETON

IR-Recherche

+33 (0)4 34 35 97 19

038

Marie-Cecile ROBERT

IE-Recherche

(+33) 04 34 35 96 62

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