Au cours du développement thymique et de la différenciation, les cellules T subissent d’importants changements phénotypiques et fonctionnels coordonnés par des programmes développementaux spécifiques. Pour caractériser ces changements et définir les transitions de marquage épigénétiques contrôlant l’identité des cellules T, nous avons effectué une large cartographie de la transcription et des marques actives et inactives du génome dans des cellules T à différents stades de développement. Notre étude révèle une forte dynamicité de l’usage des enhancers dans le génome. Nombres de ces enhancers ont pu être validés par des approches de type CapStarr-seq. Nous avons observé que les gènes contrôlés par des promoteurs multiples sont associés à une plus grande diversité d’enhancers avec, dans certains cas, des contacts spécifiques entre les paires promoteurs-enhancers. Ces données suggèrent que la redondance apparente des enhancers, observée au cours du développement, pourrait jouer un rôle encore non décri pour le contrôle de transcrits alternatifs de certains gènes. Finalement, notre étude met également l’accent sur le rôle possible du complexe répresseur PRC2, qui dépose la marque d’histone H3K27me3, dans le choix des promoteurs alternatifs.
