L’identification d’un maximum de déterminants impliqués dans la régulation des gènes est nécessaire au développement des analyses génétiques et des approches de médecine de précision. Dans ce contexte il est important de caractériser les instructions pour la régulation des gènes portées directement par la séquence ADN. Parmi les nombreux efforts développés pour atteindre cet objectif, nous proposons une nouvelle approche capable de prédire l’expression des gènes de chaque patient directement à partir de la séquence ADN.
Notre approche, qui peut être aussi performante que des approches fondées sur des données épigénétiques, souligne l’influence majeure du contenu nucléotidique des séquences localisées dans le corps du gène, en particulier les introns. Contrairement aux régulations plus traditionelles, orchestrées par des motifs ADN, notre modèle révèle une contribution de la composition nucléotidique globale, notamment dans les co-régulations associées à l’architecture 3D et aux associations de gènes au sein des domaines topologiquement associés.
En résumé, notre étude confirme l’existence d’instructions pour la régulation de l’expression des gènes présentes directement au niveau de la séquence ADN, dans des régions largement sous-étudiées dans le domaine des regulations génomiques, et qui semblent liées à l’architecture de la chromatine.
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Bessière C, Taha M, Petitprez F, Vandel J, Marin JM, Bréhélin L, Lèbre S, Lecellier CH.
Probing instructions for expression regulation in gene nucleotide compositions.
L’équipe : Biogénèse des micro-ARNs
