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MitoTrack, a user-friendly semi-automatic software for lineage tracking in living embryos

7 novembre 2019

Au cours du développement, les cellules progénitrices subissent de multiples cycles de divisions cellulaires au cours desquels les programmes de transcription doivent être propagés fidèlement. Pour étudier la transmission mitotique de ces programmes, il est essentiel de pouvoir suivre les activités de transcription et leur transmission des cellules mères aux cellules filles dans des embryons vivants. Compte tenu de la nature stochastique de ce phénomène, il est nécessaire de collecter et d’analyser une grande quantité de données pour examiner la distribution statistique des résultats. À cette fin, nous avons développé MitoTrack, un logiciel développé en PythonTM avec une interface utilisateur graphique conviviale qui fournit des outils graphiques pour les corrections manuelles, la visualisation et le contrôle des résultats. Afin d’étudier l’activation temporelle de la transcription dans des cycles cellulaires consécutifs, MitoTrack suit les noyaux à travers la mitose en conservant les informations de lignage et en détectant l’apparition des sites de transcriptions. En conséquence, nous pouvons extraire le temps d’activation de chaque noyau et de ses filles, ce qui nous permet d’étudier la mémoire de transcription à travers la mitose.

Bioinformatics. 2019 Oct 3. pii: btz717. doi: 10.1093/bioinformatics/btz717. [Epub ahead of print]
MitoTrack, a user-friendly semi-automatic software for lineage tracking in living embryos.
Trullo A, Dufourt J, Lagha M.

Fig. 1. MitoTrack GUI to track transcriptional activation and nuclei lineage. (a) Main window composed of four distinct panels, among which, two are shown here, with raw nuclei channel (upper left) and detected nuclei (upper right). MitoTrack typical tools and edit boxes are shown on the left. (b) ‘Modifier Mitosis Tool’ showing all its commands and parameters. Three typical images of nuclei at a time t, t + 1 and their overlap are shown to illustrate the basis of the algorithm for automatic nuclei tracking during mitosis. (c) Interface of the ‘Modify Segmentation Tool’ with its main commands visible. Exemplary results of manual corrections of nuclei segmentation
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Bioinformatics, btz717, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz717
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