Dans un travail publié dans Genome Research, Marie-Odile Baudement et ses collègues (équipe « Architecture Génomique et Contrôle Epigénétique » dirigée par Thierry Forné), ont développé le HRS-seq, une méthode génomique, simple et rapide, qui permet d’isoler et de séquencer les régions du génome associées aux corps nucléaires grâce aux propriété d’insolubilité à forte concentration saline de ces grands assemblages ribonucléoprotéiques (HRS – High-salt Recovered Sequences). Leurs travaux démontrent que, dans les cellules souches embryonnaires (ES) murines, ces régions sont très fortement associées au compartiment chromosomique actif et correspondent essentiellement aux gènes les plus fortement exprimés et à leurs éléments de régulation tels que les « super-enhancers ». Elles incluent non seulement des gènes spécifiques du type cellulaire, tels les gènes de pluripotence dans les cellules ES, mais aussi des gènes de ménages associés aux corps nucléaires tels que les gènes des histones et des petits ARN nucléaires (snRNA) qui sont des composants essentiels des « corps des loci Histone » et des corps de Cajal. Ces résultats, qui sont en accord avec le modèle de « séparation de phase » pour le contrôle de la transcription (Hnisz et al., 2017, Cell 169,13-23), suggèrent que ces corps pourraient jouer un rôle central pour l’organisation du compartiment chromosomique actif chez les mammifères.
Baudement M-O., Cournac A., Court F., Seveno M., Parrinello H., Reynes C., Sabatier R., Bouschet T., Yi Z., Sallis S., Tancelin M., Rebouissou C., Cathala G., Lesne A., Mozziconacci* J., Journot* L. and Forné* T. « High-salt Recovered Sequences are associated with the active chromosomal compartment and with large ribonucleoprotein complexes including nuclear bodies ». Genome Research, sous presse.
Published in Advance, October 4, 2018, doi: 10.1101/gr.237073.118.
