Chez les mammifères, environ la moitié du génome est constituée d’éléments répétés, dont approximativement 10 % proviennent de rétrovirus endogènes (ERVs). Ces séquences ont souvent été cooptées par le génome pour contribuer à l’expression de gènes endogènes et certains ERVs sont connus pour être réactivés lors de la perte de HP1 (Heterochromatin Protein 1), une famille de protéines impliquées dans la formation de l’hétérochromatine. Cependant, le lien entre les ERVs, l’expression des gènes endogènes et HP1 reste peu clair.
Dans ce travail, en étudiant deux ERVs situés en amont de gènes de souris dont l’expression augmente lors de la perte de HP1 (Mbd1 et Trim24), le groupe de Thierry Forné (IGMM) en collaboration avec Florence Cammas (IRCM), a montré que, en fonction du niveau d’expression de HP1, certains ERVs se comportent comme des activateurs transcriptionnels (« enhancers ») putatifs formant une boucle de chromatine avec les promoteurs de gènes endogènes. Ces ERVs spécifiques sont caractérisés par des marques d’hétérochromatine indépendantes (H3K9me3 et H4K20me3) ou dépendantes (H3K27me3) de HP1, ainsi que par la marque H3K4me1 spécifique « d’enhancers », une combinaison particulière qui pourrait représenter un marqueur pour les « enhancers » dépendant de HP1, dérivés d’ERVs.
Finalement, ces résultats conduisent à l’identification d’un nouveau type de régulation transcriptionnelle, impliquant la formation, sous la dépendance de HP1, de boucles physiques entre des ERVs spécifiques et certains gènes endogènes. À notre connaissance, il s’agit de la première démonstration d’une interaction directe à longue distance entre une séquence dérivée d’un ERV et le promoteur d’un gène endogène chez les mammifères, ainsi que du premier exemple d’un « enhancer » putatif dont l’activité est régulée par HP1.
Calvet, S. Sallis, N. Saksouk, C. Rebouissou, C. Teyssier, A. Lesne, F. Cammas and T. Forné* – “Endogenous retroviral sequences behave as putative enhancers controlling gene expression through HP1-regulated long-range chromatin interactions” (2022) Cells 11:2392.
https://doi.org/10.3390/cells11152392
